Η Επιτροπή Ερευνών υπόκειται σε πλήθος ελέγχων σύμφωνα με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο και τις κατά περίπτωση συμβατικές της υποχρεώσεις.
Έλεγχοι διενεργούνται στην «Επιτροπή» από:1. Σώμα Ορκωτών Ελεγκτών (τακτικός- ετήσιος έλεγχος.2. Ελεγκτικό Συνέδριο Ελλάδος (έκτακτος έλεγχος)3. Ελεγκτικό Συνέδριο Ευρωπαϊκής Ένωσης (έκτακτος έλεγχος)4. Γ.Γ. Ευρωπαϊκής Επιτροπής (UKLAF) (έκτακτος έλεγχος)5. Υπουργεία Παιδείας- Οικονομικών και Γ.Λ. του Κράτους (έκτακτος έλεγχος)6. Φορείς Χρηματοδότησης (κατά έργο και κατά περίπτωση)Επίσης ουσιαστικός και διαχειριστικός έλεγχος είναι δυνατό να διενεργείται από δημοσιονομικούς υπαλλήλους σε όλα τα προγράμματα που χρηματοδοτούνται από πόρους της Ε.Ε. Κατά συνέπεια όλα τα παραπάνω υποχρεώνουν την Επιτροπή Ερευνών τόσο να ελέγχει, να παρακολουθεί την ομαλή εξέλιξη των έργων και να λαμβάνει τα μέτρα που είναι απαραίτητα για την απρόσκοπτη λειτουργία τους και τη νόμιμη και αποτελεσματική χρήση των πόρων, όσο και να προβαίνει σε έλεγχο της νομιμότητας και της πληρότητας όλων των διενεργούμενων από τον Υπεύθυνο κάθε έργου πράξεων.